La vigilancia genómica es un campo esencial a la hora de controlar enfermedades causadas por virus, como por ejemplo el de la Influenza. El Instituto de Salud Pública de Chile (ISP), como miembro de la Red Global de Vigilancia de Influenza participa del monitoreo que se realiza durante todo el año, con la detección de cepas circulantes en nuestro país y a través de los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC, Atlanta, USA), que actúa como Centro Colaborador de la Organización Mundial de la Salud (OMS)  vigilan su circulación a nivel mundial  para determinar  los cambios que sufre el genoma (o partes del genoma) de estos virus.

Debido a la epidemia causada por el COVID-19, esta vigilancia genómica toma aún mayor relevancia. Es por esto que el ISP, implementó un protocolo para el análisis genético de SARS-CoV-2 en marzo del año 2020 y secuenció los primeros casos confirmados en Chile. Desde esa fecha, ha realizado una vigilancia permanente de la circulación las variantes del virus SARS-CoV-2 y de los linajes en la Región Metropolitana y en otras regiones del país, lo cual le permitió detectar el 28 de diciembre pasado la nueva variante de Reino Unido en Chile.

La red de vigilancia genómica tiene un carácter mundial que, por un lado, busca fortalecer la capacidad de secuenciación de los laboratorios participantes y por otro, estimular a los países a implementar la vigilancia genómica de rutina. El objetivo, es aumentar la cantidad de datos de secuenciación disponibles a nivel global para apoyar el desarrollo de protocolos de diagnóstico, generar información para el desarrollo de vacunas y para entender mejor los patrones de evolución y epidemiología molecular de SARS-CoV-2.

La data obtenida por la red de vigilancia genómica mundial está alojada en la plataforma www.gisaid.org; en este repositorio se encuentran disponibles al 15/01/2021 374.442 genomas de SARS-CoV-2. Por ejemplo:

• Reino Unido tiene disponibles 165.171 genomas, lo que corresponde aproximadamente al 5.0% de los casos positivos para Covid-19 (3.269.757).
• Estados Unidos dispone de 72.966 genomas, lo que corresponde al 0.3% de los casos positivos (23.315.721).
• Francia tiene disponible 3197 (0.1%) genomas de 2.909.757 de casos positivos.
• Alemania se han publicado 3312 (0.16 %) genomas de 2.015.235 casos positivos.
• España tiene 6404 (0.29%) genomas de 2.211.967 casos.
• Latinoamérica en total ha publicado 4664 genomas, de los cuales 2102 (0.06%) genomas de 8.324.294 casos corresponden a Brasil. Mientras que Perú, de los 1.048.662 casos, han publicado 440 genomas (0.04%).

Chile tiene disponibles 963 (0,15 %) genomas hasta octubre del 2020 de 656.712 casos confirmados, los cuales han sido publicados por: Instituto de Salud pública de Chile (492), Centro para Modelamiento Matemático y Centro para Regulación de Genoma (79), Centro Asistencial Docente y de Investigación, Universidad de Magallanes (39) y Laboratorio de Virología Molecular, Universidad Católica (325), Facultad de Ciencias de la Vida UNAB (28).  Estos datos, muestran que existen varios centros que están aportando genomas completos a la plataforma www.gisaid.org

Al comparar los genomas informados por país en relación a los casos positivos, Chile muestra un número importante de genomas completos de SARS-CoV-2 en relación a los casos positivos, similares a países de Europa y muy superior a otros países de Latinoamérica.   Sin embargo, el ISP está reforzando esta vigilancia genómica a todo el país, para que sea más robusta y oportuna.

En el mes de diciembre del 2020 y los primeros días del mes de enero del año 2021, ha permitido identificar 8 variantes de SARS-CoV-2, siendo las variantes B.1.1, B.1.1.33 y N4 las más predominantes.

¿Qué significa que Chile tenga identificado genomas?

Para saber qué tipo de virus SARS-CoV-2 circulan en nuestro país, se debe realizar una vigilancia genómica y para ello es necesario realizar el análisis de la composición del ácido nucleico del virus. Este análisis se realiza mediante la secuenciación de genomas del virus y permite detectar mutaciones que pueden afectar el comportamiento del virus. El número de genomas que registra Chile en la plataforma Gisaid corresponde a las secuenciaciones realizadas por varios centros universitarios, así como el Instituto de Salud Pública  y cuyos resultados aportan al seguimiento de las posibles variaciones o mutaciones del virus.

Fuente: Instituto de Salud Pública de Chile.