Desarrollan una nueva herramienta computacional para interpretar el significado clínico de las mutaciones del cáncer

Investigadores del Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP) han desarrollado una nueva herramienta para ayudar a los investigadores a interpretar la importancia clínica de las mutaciones somáticas en el cáncer. La herramienta, conocida como CancerVar, incorpora marcos de aprendizaje automático para ir más allá de la mera identificación de mutaciones de cáncer somático e interpretar la importancia potencial de esas mutaciones en términos de diagnóstico, pronóstico y orientación del cáncer. Un artículo que describe CancerVar se publicó hoy en Science Advances.

«CancerVar no reemplazará la interpretación humana en un entorno clínico , pero reducirá significativamente el trabajo manual de los revisores humanos para clasificar las variantes identificadas a través de la secuenciación y la redacción de informes clínicos en la práctica de la oncología de precisión», dijo Kai Wang, Ph.D., Profesor de Patología y Medicina de Laboratorio en CHOP y autor principal del artículo.

«CancerVar documenta y armoniza en detalle varios tipos de evidencia clínica, incluida información sobre medicamentos, publicaciones y vías para mutaciones somáticas. Al proporcionar resultados estandarizados, reproducibles y precisos para interpretar variantes somáticas, CancerVar puede ayudar a los investigadores y médicos a priorizar las mutaciones de interés», explicó.

«La clasificación e interpretación de las variantes somáticas son los pasos que requieren más tiempo del perfil genómico tumoral», dijo Marilyn M. Li, MD, profesora de patología y medicina de laboratorio, directora de diagnóstico genómico del cáncer y coautora del artículo.

«CancerVar proporciona una poderosa herramienta que automatiza estos dos pasos críticos. La implementación clínica de esta herramienta mejorará significativamente el tiempo de respuesta de la prueba y la consistencia del rendimiento, haciendo que las pruebas sean más impactantes y asequibles para todos los pacientes pediátricos con cáncer», señaló la especialista.

El crecimiento de la secuenciación de próxima generación (NGS) y la medicina de precisión ha llevado a la identificación de millones de variantes de cáncer somático. Para comprender mejor si esas mutaciones están relacionadas o afectan el curso clínico de la enfermedad, los investigadores han establecido varias bases de datos que catalogan estas variantes. Sin embargo, esas bases de datos no proporcionaron interpretaciones estandarizadas de las variantes somáticas, por lo que en 2017, la Asociación de Patología Molecular (AMP), la Sociedad Estadounidense de Oncología Clínica (ASCO) y el Colegio de Patólogos Estadounidenses (CAP) propusieron conjuntamente estándares y pautas para interpretación, notificación y puntuación de variantes somáticas.

Sin embargo, incluso con estas pautas, el esquema de clasificación de AMP/ASCO/CAP no especificaba cómo implementar estos estándares, por lo que diferentes bases de conocimiento brindaban resultados diferentes.

Para resolver este problema, los investigadores de CHOP, incluido el científico de datos de y coautor principal del artículo, Yunyun Zhou, Ph.D., desarrollaron CancerVar, una herramienta mejorada de interpretación de variantes somáticas que utiliza un software de línea de comandos llamado Python con un servidor web adjunto.

Con un servidor web fácil de usar, CancerVar incluye evidencia clínica de 13 millones de variantes de cáncer somático de 1911 genes del censo de cáncer que se extrajeron a través de estudios y bases de datos existentes.

Además de incluir millones de mutaciones somáticas, ya sea de importancia conocida o no, la herramienta utiliza el aprendizaje profundo para mejorar la interpretación clínica de esas mutaciones. Los usuarios pueden consultar interpretaciones clínicas para variantes utilizando información como la posición del cromosoma o el cambio de proteína y ajustar de forma interactiva cómo se ponderan las características de puntuación específicas, según el conocimiento previo o criterios adicionales especificados por el usuario. El servidor web CancerVar genera interpretaciones descriptivas automatizadas, como si la mutación es relevante para el diagnóstico o el pronóstico o para un ensayo clínico en curso.

«Esta herramienta muestra cómo podemos usar herramientas computacionales para automatizar las pautas generadas por humanos, y también cómo el aprendizaje automático puede guiar la toma de decisiones», dijo Wang.

«La investigación futura también debería explorar la aplicación de este marco a otras áreas de la patología», agregó.

Compartir este artículo

Artículos relacionados

Muchos han planteado la hipótesis de que las bacterias y otros microorganismos vivos "amigables" consumidos a través de la dieta pueden desempeñar un papel importante en la salud. Es probable que la reducción en el consumo de microbios en la dieta haya contribuido a una microbiota intestinal "empobrecida", lo que puede conducir a un desarrollo inadecuado del sistema inmunitario y a un aumento de las enfermedades crónicas, entre otros resultados negativos para la salud. Un grupo de científicos completó la primera estimación a gran escala de cuántos microbios vivos consumen diariamente los estadounidenses. Los resultados se publican en el Journal of Nutrition.
Las personas que responden mucho a los alimentos perdieron más peso y, lo que es más importante, tuvieron más éxito en mantener las libras usando una nueva intervención alternativa para bajar de peso que tiene como objetivo mejorar la respuesta de una persona a las señales internas de hambre y su capacidad para resistir los alimentos, informó un equipo dirigido por expertos de la Universidad de California en San Diego en la edición en línea del 18 de mayo de 2022 de JAMA Network Open.
La investigación, dirigida por el Murdoch Children's Research Institute (MCRI) y publicada en el Journal of Allergy and Clinical Immunology: In Practice, encontró que el parto por cesárea, ya sea con o sin trabajo de parto, electivo o de emergencia, en comparación con el parto vaginal no tiene impacto en la probabilidad de alergia alimentaria a los 12 meses de edad. El estudio señaló que, del 30 por ciento nacido por cesárea, el 12,7 por ciento tenía alergia alimentaria en comparación con el 13,2 por ciento nacido por vía vaginal.
La monitorización de fármacos terapéuticos (TDM) se refiere al principio de utilizar concentraciones sanguíneas de productos biofarmacéuticos para guiar las decisiones terapéuticas. EULAR, la Alianza Europea de Asociaciones de Reumatología, ha desarrollado un conjunto de nuevos "puntos a considerar" para apoyar la TDM en personas con enfermedades reumáticas y musculoesqueléticas inflamatorias.